解放軍雖然很看重古寧頭戰役的失利教訓，但并沒有將其視為重要戰役。中國人民解放軍國防大學教授徐焰在其著作中，稱金門戰斗失利只是第二次國共內戰末期一個小cHa曲，僅是暫時延緩解放軍攻取東南沿海島嶼，并未影響全局。解放軍多次檢討與總結，開始重視渡海作戰特殊規律，再經過登步島戰役失利總結，解放軍初步掌握渡海作戰規律。
古寧頭戰役結束後，東南沿海島嶼被x1取經驗的解放軍逐步奪取或因戰略理由撤退。
古寧頭戰役後半年，解放軍隨即攻占海南島。
之後相繼攻占相對簡單的、萬山群島及1955年的一江山島。不過防御堅強的金門及其他島嶼始終無法越雷池一步。
戰後發展
古寧頭戰史館
此戰役後，守第一線的二零一師回臺灣整補，而胡璉之第十二兵團則於12月1日奉命就地改為金門防衛司令部。湯恩伯代理總司令及李良榮兵團司令奉命赴臺灣，第十八軍軍長高魁元一直做到陸軍總司令、參謀總長、國防部長。
指揮官爭論
由於在古寧頭戰役前夕，更動金門地區最高指揮官，由胡璉出任兵團司令官及福建省主席，接管金門防務。古寧頭戰役開打後第三天，胡璉始抵達金門赴新任，因此爾後發生了金門保衛戰指揮權歸誰的爭論。主要的爭論焦點在湯恩伯與胡璉，此外也有認為系第十八軍長高魁元或第二十二兵團司令李良榮實際指揮者。
此外，傳言湯恩伯聘請前日軍將領根本博化名為林保源為顧問，一說他建議後撤讓解放軍上岸，然後破壞船只阻止增援，從而加以圍殲。
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