鄭芝龍之所以選擇這種比較麻煩的撤離方式，也是有他自己的安全考慮在里面。先如果他在眾目睽睽之下從馬公港率先離開，那么對于仍然沒有來得及撤離的人員來說無疑會有一種被拋棄的感受，很容易引大的混亂不說，而且對他個人在十八芝中的形象也會起到負面影響。其次他很擔心對手的船隊隨時殺到馬公港，那時候即便船已經出海，也很難逃過海漢人那種高戰船的銜尾追殺，因此他選擇了從澎湖島的另一頭出海，在離開澎湖海域之后再尋求與大部隊的會合。
值得慶幸的是鄭芝龍所派出的兩支阻擊船隊雖然都很快戰敗，但的確為十八芝爭取到了非常寶貴的一段撤離時間，島上的青壯幾乎都已經在聯軍艦隊抵達之前一個小時撤離了馬公港，以最快的度往北方逃竄。被聯軍艦隊堵在馬公港的，幾乎都是散兵游勇和裝載閑散人員的船只了。
“追嗎”王湯姆看著已經接觸到海平面的夕陽，征詢顏楚杰和錢天敦的意見。
“算了，安全第一。今天還是先把馬公港清理下來再說，明天再派船隊去攆一攆十八芝的屁股吧?！鳖伋苌砸华q豫，最后還是選擇了放棄追擊。
錢天敦對此也持比較慎重的態度：“這里島嶼眾多，我們對澎湖附近的海域又不熟悉，打夜戰太冒險了，也沒有冒這個風險的必要。還是先緩一緩，等明天再讓艦隊清理附近海域?！?br>
兩名同僚都建議穩重應對，王湯姆也不會堅持冒險作戰，當下便通過電臺通知另外兩支艦隊，讓他們收攏隊伍，開始對馬公港碼頭進行清理。同時派船通知福建水師，讓他們派船往南北兩個方向沿海岸線進行搜索，看看澎湖島沿岸是否還有尚未來得及撤離的海盜船隊。
在意識到大勢已去之后，滯留在馬公港未能來得及撤離的數千人沒有再進行無謂的抵抗，大約三分之一的人選擇了就地投降，剩下的人則是抱著僥幸心理撤向了內6，指望敵人對澎湖的攻打只是短期行為，打完這一波之后就會撤回大6。
顏楚杰也沒有急于讓部隊連夜進行搜捕，而是在馬公港劃定了駐扎區，讓運兵船和貨船能偶盡快入港?？俊＿@次的聯合行動，海漢與福建軍方總共投入了近萬作戰人員，還動員了幾乎數目相當的民夫負責后勤輜重。不過開戰之前的種種擔心，現在看來都已經不會出現了，十八芝接連駛出丟車保帥的招數，已經表明了他們沒有打算在澎湖島上再組織像樣的抵抗。這樣一來聯軍要實現占領澎湖的作戰意圖就十分輕松了，只要逐島進行清理就行。
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馬公港的港灣出口正好是朝向西邊，而聯軍艦隊是自西向東殺過來，雙方都是在比較遠的距離上就現了對方的存在。驚慌失措的海盜船隊正面撞上戰意正濃的聯軍艦隊，幾乎是被鋒利刀鋒切入的豆腐一樣，輕易地就被分切開來。而十八芝一方似乎已經完全失去了指揮體系，在這種混亂的場面下沒有人組織起像樣的抵抗，所有人都在試圖盡快逃離這個戰場。
王湯姆在戰前所選定的登6地點位于馬公港北側的半島上，所有人都提前打起了精神準備迎接一場惡戰，但實際的情況卻是讓負責掩護的艦隊根本無從揮，這里根本就沒有任何的岸防措施，并且從望遠鏡中也看不到成建制的武裝人員在岸邊活動。隨后趕到的運兵船幾乎毫無阻礙地靠岸實施了登6，根本就沒有想象中來自十八芝的阻擊出現。
“看樣子是我們把戰斗想得太艱難了”王湯姆對于這樣的景象也有些驚訝和無可奈何。
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