序章
賽博坦宇宙中唯一一個純金屬星球，上面生存著一個無限接近十級文明的金屬機械生命種族變型金剛一族。最初的星球是由一個狡猾邪惡卻很先進種族占領，變型金剛一族在誕生前的祖先被這股種族奴役，在漫長的奴役時代一名祖先獲得奇遇成為第一位變型金剛在這位變型金剛先驅的帶領下一名名變型金剛誕生，他們團結在第一位變型金剛先驅身邊發動起義與奴役他們的種族戰斗，經過漫長的戰斗變型金剛一族人數越來越多戰斗經驗也越來越豐富終于驅逐了那個邪惡狡猾兇殘的種族，在金屬星球上建立起一個完全由金屬機械生命構成的國度而這顆星球也就被命名為賽博坦，為了保護得來不易的家園一部分變型金剛著重戰爭方面的工作擁有大量戰斗經驗負責保護家園他們稱自己為霸天虎、另外一部分著重建設任務他們負責建造家園他們稱呼自己為汽車人，雙方緊密合作逐漸把一顆金屬星球建造成碩大無比的金屬要塞星球。
當一個文明發展到一定程度的時候就開始尋找宇宙的智慧生命進行交流，在探索的過程比較善良做事溫和的汽車人與主張戰爭征服的霸天虎間經常會發生意見沖突于是他們決定選出最有智慧的族人組成議會來裁定意見沖突的事件該如何做，擁有議會之后很多事情得到了裁決可是問題是任何出現分歧的事情裁決后總有人失意有人得意，而這種失意和得意潛移默化的變成雙方心底的刺隨著時間的流逝這種刺就變成偏見變成敵視，慢慢的雙方形成兩派霸天虎組成狂派汽車人組成博派彼此的矛盾也因兩個團體的日益壯大而變得尖銳起來。
被變形金剛一族驅趕的那個邪惡狡猾殘暴的種族在億萬年之后卷土重來，矛盾重重的兩派重新集合起來對抗敵人經歷漫長的戰斗那個種族只有少量人員脫離了戰場為了不讓這個種族再有卷土重來的機會，議會決定派遣最忠誠最強大第一代變型金剛零率領精銳變型金剛戰士構成艦隊追擊敵人。
在議會所屬的精銳艦隊離開千年后，狂派發動突如其來的政變讓整個賽博坦陷入戰爭議會失去控制力被迫解散，狂派和博派陷入了曠日持久的戰爭中星球不斷遭受破壞大量資源被破壞被浪費，最終他們的家園賽博坦發生裂變開始崩潰兩派的首領帶領各自的支持者放棄了他們的家園，在賽博坦裂變崩潰的時候變型金剛一族的圣物魔方矩陣失蹤了。
兩派的首領持著各自的身份證明首領之章帶領幸存者一邊戰斗一邊采集資源一邊尋找魔方矩陣，可是兩派的首領都不知道他們認知和找尋的圣物不過是初代變型金剛為保護真正圣物火種弄出來的替代品而已，處于對圣物的崇拜所以他們制作出的替代品不被允許稱呼為火種所以選擇了替代的名稱魔方矩陣，這個秘密只有最初代和一代三千名變型金剛知道可是在反抗起義戰爭中初代全部隕落而第一代也損失了一半后來時間悠久又有大部分第一代變型金剛壽命到了，僅有的兩位知情者一位成為了議會的議長，另一位則是討伐變型金剛一族敵人的總指揮官零，而這位指揮官在與敵人的漫長追逐戰斗中隕落議會議長就成為最后一個直到秘密的人，可在狂派發動政變的時候第一個要對付的就是這位議長，隨著議長的陣亡真正火種存在的秘密也就隨之消失，但是火種這個名字還是流傳出來這是在最初建設賽博坦的時候那些還活著的第一代變形金剛談論的時候偶爾會提到火種這個名字，不明所以的后輩變形金剛誤認為初代一代變形金剛是用火種稱呼魔方矩陣因此有部分人也就沿襲下來，在這些變形金剛的眼中火種等同魔方矩陣可惜他們的理解是錯誤的而發覺這點的初代一代變形金剛并無意去糾正，于是火種這個名字就被錯誤的流傳下來。
在之后的偽火種爭奪中狂派和博派再次損失大量族人，當他們意識到再下去將會滅族的時候終于停戰了可他們卻發現自己爭奪的圣物火種再也不能增加新的族人，而偽火種內保存的火種力量因為得不到真正火種力量的補充再也不具備增加新變型金剛的能力，時間越久偽火種內真正火種的力量越少最終完全消散，戰爭中幸存下來的狂派博派們徹底失去了生存下去的意愿，有的變型金剛發瘋了瘋狂的攻擊其他智慧生命文明結果被粉碎、有的變型金剛抱著希望踏上尋找真正火種的道路、絕大多數幸存下來的變型金剛選擇長眠，除非真正火種出現或掌控火種的掌控者出現否則他們選擇在長眠中耗盡體內火種的力量直到力量徹底消失為止。
變型金剛真的要走向末日了嗎這是所有選擇長眠下去的變型金剛長眠前最后的疑問，看著和自己一起選擇長眠的族人這一刻沒有什么狂派博派之分他們只有一個名字變型金剛，在這一瞬間他們回到最初重新成為了變型金剛而在這個時候他們仿佛跨越了時間長河看到了圣物火種，火種一定會重新啟動變型金剛一族一定會重新聚集在一起重建賽博坦重建所有變型金剛一族的家園，帶著仿佛預言般的希望變型金剛們眼中的電光逐漸暗淡他們堅信當他們重新蘇醒的時候一定就是變型金剛一族重現的時刻。