序章
稷下學院有史以來最偉大的天才，世間公認夫子的繼承者。無論魔道機關，智謀兵法，樣樣都是第一。連后來的鐵血都督周瑜，也不得不咬牙接受每次考試屈居次席的事實。背負千年老二的黑歷史，對高傲如他而言，名為諸葛亮的青年簡直如同噩夢的存在。至于天才本人，則完全無視羨慕嫉妒恨的眼光，投身于傳說中天書殘篇的研究。
王者大陸的發源，起端，毀滅，輪回……與曾經存在過的，被稱為知識根源的東西有著千絲萬縷的聯系。曾經親身接觸過它的，唯有過去的超智慧體。他們創造了文明，締造了“奇跡”。然而自超智慧體退出歷史舞臺，觸及知識根源變得遙不可及……所能證明它確實存在的……唯有天書。
天書，太古智慧的總和，記載著魔道和機關術的全部秘密。天書隨方舟降落于王者大陸，又隨著超智慧體的分裂，遷徙，以及戰火的洗禮而四散零落。有些落入人間的君主之手，有些被追求根源的學者所搜羅，有些甚至被埋藏于默默無聞的廢墟之中。天書的力量令人神往，卻少有人知曉如何解讀。
年輕而意氣風發的諸葛亮曾親身前往稷下地下的朝歌遺跡拓印，并為阻止野心者布下封印的陣法；親手觸摸過長安城最大的秘密——傳說中的方舟，甚至到過沙漠中湮滅的古國……最終，他選擇定居蜀地的草廬，潛心解析這些堪稱無價之寶的收集。自然，曾有不軌之徒覬覦這知識的寶藏，不過，據說最后一個試圖盜走天書的人，接近草廬后就再沒有顯露過蹤跡。反倒令神秘的“影之龍槍”，成為說書人口中絕贊的素材，收獲眾多少女們的傾慕。
拜訪的客人中，唯有身為王室后裔的劉備能享受一杯清茶的優遇。起初，諸葛亮并沒有答應劉備輔佐自己的請求，他的天才所要探尋的是世界根源的智慧，政治的勝負相比太過渺小。
超智慧體留下了可怕的遺產，扭曲知識本來面目所誕生的陰暗無處不在，動搖著歷史的進程。諸葛亮那無比聰穎的頭腦思索著，試圖抓住冥冥中的關鍵，去尋找那個或許所有人尚未知曉的，足以顛覆人間界的真相，以及可能的對策。
來自遙遠扶桑的訊息發出警告：可怕的魔物被驅逐，而留下的傷痕或許今后數十年都無法消除。這難免讓人想起多年以前秦王宮陰暗的秘密。
另一件事也震動了他的心靈。有名的考古學者蔡邕，他所尊敬的長輩和友人，他們曾多次交流有關云中漠地的發現，卻傳來噩耗：全家遭遇謀害。人們咒罵蔡邕收養的野獸恩將仇報，只有諸葛亮注意到好友珍貴的研究心血無聲無息消失。
蔡邕最后的書信里透露了什么……黑衣人，拼命于荒漠中搜尋著“奇跡”……啊，還有邊陲的廢墟，以及交由玄德撫養的孩子……
諸葛亮的手指拂過地圖，最后停在名叫赤壁的地名上。那里埋藏著太古的造物，大規模殺傷性武器：東風祭壇。
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