書院興起于唐，盛行于宋，即便宋金元更替之際，由于戰爭頻繁，全國的書院被戰爭毀壞的很多。
但在戰爭結束后，“元朝統治者對于書院采取保護、提倡和加強控制的政策”。
元朝鼓勵書院建設的同時，積極將書院轉為官學。
例如書院教師由官府任命，招生、考試等由官府主導，書院經費由官府提供。
也就是從元朝開始，程朱理學成為了國家正統思想，而各大書院的講學內容也基本就是程朱理學了，從此書院就開始失去了“百家爭鳴”的特征了。
所以元朝時期，書院是為朝廷服務，自然不存在太多問題。
而到了明朝情況變化很大，特別是兩大著名的心學講學者，分別是湛若水和王陽明。
也正是因為他們的推廣，致使私人講學之風興起，書院突然進入中興期，并很快進入快速發展軌道，步入輝煌期。
陸王心學始終不是明朝官方的學問，湛若水、王陽明等大肆講學，宣傳心學，這必然會遭到程朱理學的攻擊，同時也會遭到官府的打壓。
明朝第一次毀滅書院是1537年，當時有御史游居敬疏斥南京吏部尚書湛若水“倡其邪學，廣收無賴，私創書院”，于是嘉靖皇帝下令毀掉湛若水創辦的所有書院。
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