朱棣死后，明仁宗洪熙皇帝朱高熾繼位，三大殿依舊是一堆廢墟。
此時擺在朱高熾面前的問題很明確，三大殿還修嗎？
這個問題從表面看是一個工程修復問題，背后卻隱藏著國都之爭，重建三大殿，意味著繼續定都北京，相反，則預示著皇帝將會還都南京。
雖然做皇帝是個新手，但朱高熾一直以太子身份監國，因此他擁有豐富的政治經驗。
經過考慮，他決定不重建三大殿而是決定回鑾南京，也就是放棄朱棣的方針還都南京，他先令駙馬都尉沐昕掌管南京后軍都督府，又令太監王桂和鄭和領官軍鎮守南京，還把太子朱瞻基派往南京，下令修葺南京宮殿。
只不過，在最后一步下詔還都前，鐵了心要回南京的明仁宗卻突然駕崩。
朱高熾駕崩后，即位的是明宣宗朱瞻基，他想遵從父親的遺愿遷回舊都，但是南京頻繁的地震給這位新皇帝留下的印象實在太過深刻。
史載，宣德元年到宣德八年，南京地震三十五次，北京地震五次。
因此，南京密集的地震，使得明朝還都南京的工作被打斷，直到朱瞻基駕崩，首都仍在北京。
而這一切，到了正統年間，明英宗朱祁鎮正式下詔以北京為京師、南京為留都，至此明朝都城的問題終于解決了，到正統六年，永樂朝被燒的三大殿才終于重建完畢。
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