和運河弊端中漕軍的遭遇一樣，遼東官員常期以紕薄短窄的罪名，責令轉運之人賠償，以此破家者眾。
由于遼東軍官勒索山東轉運船只，在山東官員的提議下，棉布交接程序被改在山東進行。
遼東派員前往山東查驗棉布數量質量，合格后再裝船啟運，“勒取登州府解戶布、鈔等物”的遼東軍官也受到降職處罰。
問題看似得到解決，但新情況又隨之出現。
貨物交接改在山東進行后，占有地利的山東官員又開始徇私克扣，以次充好。
但由于遼東派往山東交接貨物的是遼海東寧分守道和分巡道下屬官員，在職務上歸山東布政司和按察司管轄，所以也很難對貨物的質量和數量提出異議。
最后，勒索一方由遼東官員變成山東官員，其實問題還是沒有得到解決。
為保證遼東軍士的權益，遼東總兵官請求將交貨地點仍改回遼東，這些利益沖突與矛盾直接影響了山東方面運送布花的積極性，因此對海運事務產生懈怠甚至抵觸情緒。
畢竟沒有利益，還要承擔海運風險，最終在內閣協調下調整為山東布花從山海關陸路而非登遼海道運往遼東，當然最后到底有多少就不得而知，要知道此時大明朝的財政中許多已經由實物改為折色，也就是以銀錢代替實物。
自此，遼船海運完全廢棄，各衛海船多年久失修，海道非必要不開成為慣例。
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