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2308年，“第二次人蟲戰爭”。
停戰5年，蟲族再次來襲，《星河戰隊3掠奪者》劇情線開始。
原來，之前被活捉的那只腦蟲，它其實是自愿被抓的。目的就是想要從內部破獲人類的核心機密。它能通過心靈感應影響人的心智，其中就包括星際元帥安諾克。被腦蟲洗腦后，星際元帥訪問了羅庫山星球上瑞科所在的機動步兵防衛營，此時的瑞科已經升任聯邦上校之職。陪同星際元帥同來的，還有不是初戀卡門的瑞科昔日女友蘿拉·貝克艦長，以及晉升為將軍的瑞科曾經的下屬。星際元帥偷偷切斷了營地的供電，導致阻擋蟲族的電網失效，整個營地頃刻間被蟲族吞沒，死傷慘重。“羅庫山戰役”就在人類極其被動的形勢下打響，瑞科由于越權指揮被宣判絞刑，等待處死。星際元帥和瑞科的前女友乘坐戰艦逃離，中途卻被電漿蟲射中，不得不乘坐救生艙，緊急迫降在OM-1星球上。這一切全都在星際元帥的計劃之中。迫降以后，幸存者們發現通訊系統無法與總部進行聯系，于是就徒步尋找另一架迫降的戰斗機。
在戰斗機的位置，見到了蟲神——畢罕科托，星際元帥稱之為“首腦之腦”。這只與與行星地殼相連的大蟲子擁有高等智慧，并且可以通過人類之口，用人類的語言進行交流。蟲神也是由腦蟲進化而來。據說一旦成為蟲神，它就會將自己與整個星球相連。貪婪的吸取整個星球所有的養分，最后甚至能吞噬掉整個星球，變成一顆星球大小的星際蟲神。而一旦蟲神在某個星球上出現，也就意味著這顆星球已經走向死亡。
此時的星際元帥已經完全臣服于蟲族，認為蟲族才是更為先進的種族，最后被蟲神生吞都樂在其中。關鍵時刻，瑞科如神兵天降，駕駛掠奪者機甲對蟲神和蟲群狂轟濫炸，救出了自己的前女友蘿拉·貝克艦長。
原來，瑞科并沒有被處死，而是加入了一項秘密任務，掠奪者計劃，通過神經同步，操控掠奪者機甲大大提升了戰斗力。
而前女友蘿拉·貝克艦長也不是泛泛之輩，她掌握著人類高科技武器Q炸彈的命脈，行星級別的毀滅性武器。
最后，聯邦用一發Q炸彈把整個OM-1星球炸成了碎渣。已經覆蓋星球三分之一的星際蟲神畢罕科托也未能幸免。
隨后是“夸拉沙戰役”，人類重要的礦區殖民地夸拉沙星球遭到蟲族襲擊，基于星球礦藏資源的重要戰略意義，聯邦自然派駐重兵進行防御。而蟲族竟然已經把人類的礦洞改造成了運兵的通道。雙方大戰一觸即發。
2312年，約翰·A·沃登號事件。
一個綽號“英雄HERO”，本身也的確是戰斗英雄的亨利·瓦洛少校，領導K-12機動步兵隊在B星球的凱西堡上捕獲了蟲族女王，但“英雄”亨利卻因違抗軍令被捕，高級戰略心靈官卡爾，強行征用了卡門艦長的沃登號飛船，帶走了蟲族女王。但沒過多久，就傳來了沃登號失蹤的消息。
于是瑞科將軍找到最近與沃登號有過接觸的A-01機動步兵隊，并由熟悉情況的“英雄”亨利帶隊，前往調查。你沒聽錯，此時的瑞科已經晉升為了將軍，還瞎了一只眼睛此處明顯COS蛇叔好嗎。找到沃登號以后，發現上面的船員幾乎都已經死絕，只剩卡爾還活著，當A-01和K-12聯合營救小隊成員找到他的時候，被蟲族女王精神入侵的高級戰略心靈官卡爾一直說著讓人聽不懂的糊話。
原來，“宿命3人組”之一的高級戰略心靈官卡爾一直在做控制蟲族的研究，幾乎就要成功。他已經能控制住部分蟲族兵，但離成功還差一步時，被蟲族女王“反向駭客”侵蝕了意識。所以此時的沃登號已經被蟲族女王完全控制，就連載著眾人奉命來搜查的快速攻擊艦FAS阿萊西亞號也被重型主力艦沃登號一炮轟成了渣。無法撤退的聯合搜救小隊只能與沃登號里的蟲族殊死搏斗，死傷慘重。而沃登號正在蟲族女王的控制下按照設定好目標，徑直向人類母星地球前進。
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